Sông Vạc do một số phân lưu của sông Hoàng Long như các sông Chanh, sông Bến Đang, sông Sào Khê và các sông nhỏ khác như sông Ngô Đồng, sông Luồn, sông Vo, sông Vân hợp lưu tại địa phận huyện Hoa Lư, sau khi qua những cánh đồng ranh giới giữa hai huyện Yên Mô và Yên Khánh, sông Vạc chảy xuyên huyện Kim Sơn rồi đổ vào sông Đáy tại Kim Đài.

Sông Vạc có ảnh hưởng khá quan trọng đến hệ thống giao thông đường thủy ở đồng bằng Bắc Bộ của Việt Nam, đây là một trong 4 tuyến đường thủy quốc gia tại Ninh Bình.

Sông Vạc có diện tích lưu vực là 122km2. Độ dốc bình quân lưu vực là 0,014%, độ rộng bình quân lưu vực là 4,6 km. Thủy triều trên sông thuộc loại tương đối yếu, trong một ngày biên độ trung bình khoảng 150–180 cm, lớn nhất 270 cm, nhỏ nhất 2–5 cm. Do đó thuận lợi cho việc lấy nước tưới cho đồng ruộng và giao thông đường thủy nội địa. Thời gian khai thác vận tải trên sông Vạc là cả 12 tháng/năm. Tàu 50T đi lại thuận lợi sông Vạc có 6 cầu qua sông là: Cầu Yên, Cầu Đông Thịnh, Cầu Tràng, Cầu Rào, cầu Trì Chính và cầu Kim Chính. Ngoài ra còn có 5 bến đò và 13 đường điện cao thế qua sông.